基质栽培是鱼菜共生系统的优势一、持续高效。基质栽培式鱼菜共生系统始终处于运转过程中，生产过程不会中断，所以系统会源源不断地生产鱼和蔬菜。同时，兼有生态饮食服务，科普宣传活动，与大学联合研究等，是一种高效的生产模式。二、天然有机。鱼菜共生的系统内严禁使用任何药物。如果在鱼池部分使用渔药会危及蔬菜部分的生长；如果在蔬菜种植部分使用农药，会立刻导致鱼的死亡。鱼菜共生系统中也严禁添加对鱼有毒害的化肥。同时，由于鱼粪具备蔬菜所需要的全面营养元素，蔬菜对病虫害的抗性强，蔬菜根部的根际微生物分泌的植物抗生素对鱼的健康也非常有利。因此养鱼和种菜部分均无需使用药品。鱼菜共生的蔬菜种植部分天然具备有机蔬菜生产属性。三、高质量出品。鱼菜共生系统的鱼养殖在清澈见底的水体中，鱼苗进场时只要通过良好检疫，整个生长周期无需使用任何渔药。出品的鱼产品洁净无污染。鱼吃起来没有任何泥腥味，鱼肉鲜美紧致。蔬菜因为吸收营养全面，口感甘甜，有菜味，鲜嫩爽口。四、无连作障碍。鱼菜共生系统没有传统土壤栽培的休耕、轮作，也没有连作障碍。传统土壤栽培连作时会进行土壤消毒，必然给下轮栽培带来药害。基质栽培式鱼菜共生系统有着这么多的优点，但是在中国却并没有出现大规模的应用，这是因为基质栽培式鱼菜共生系统本身也存在着一些缺点，正是这些缺点阻碍了鱼菜共生系统的大范围推广与应用。基质栽培是鱼菜共生系统的劣势1、投资大。通过以上对基质栽培式鱼菜共生系统的成本收益分析，可知基质栽培式鱼菜共生系统初始投资金额巨大，要达到 106.8 万元，这不是普通的中国农民能够负担的。而且，在大规模的投入资金之后，并不会在短期内就立刻见到回报。2、技术难。鱼菜共生系统是一个闭环的生产系统，不存在害虫和杂草，不使用肥料和农药，它的良好运转主要是依赖于系统中的鱼、微生物和蔬菜三者之间的平衡。要想达到这个目标，就要求鱼菜共生系统的操作者要对动植物学和生物学有一定的了解，要具备相关专业知识。而这样的高要求显然是高于当前我国农民的基本素质的。3、风险高。在系统开始自循环之后，还有一个最大的风险就是系统的不确定性。因为整个系统是一个相互影响的整体，所以其中有任何一个环节出现问题，都会导致整个系统的瘫痪崩溃，进而出现无法挽回的毁灭性后果。因此，运转良好的鱼菜共生系统必须要有完善的日常管理制度，出现问题，要及时发现，尽量将损失降到最低。